W badaniach kontroli poznawczej, niemal równie często co zadanie Stroopa, wykorzystuje się zadanie flankerów, opracowane pierwotnie przez Eriksenów (Eriksen & Eriksen, 1974). Zadanie flankerów pozwala na pomiar efektywności rozwiązywania konfliktu pomiędzy dwiema konkurującymi reakcjami. Osobom badanym prezentuje się bodziec-cel, na który należy zareagować w jeden z określonych wcześniej sposobów. Schemat reagowania może wyglądać np. w taki sposób, że na literę B, albo na strzałkę w prawo, należy zareagować naciśnięciem wskazanego klawisza prawą ręką, a na literę A lub strzałkę wskazującą lewą stronę należy nacisnąć inny klawisz lewą ręką (reakcje mogą być również udzielane tylko jedną ręką, ale oburęczny schemat reagowania umożliwia analizę elektrofizjologicznych korelatów przygotowywania reakcji; patrz następny podrozdział poniżej). Bodziec cel w zadaniu flankerów jest otoczony dystraktorami (flankerami); np. litera-cel ‘B’ jest otoczona z prawej i lewej strony innymi literami: AABAA. Flankery mogą być takie same jak cel (warunek zgodny, congruent), mogą być bodźcami, które w innych próbach zadania są celem wymagającym innej reakcji (np. cel w danej próbie wymaga reakcji prawą ręką, a flankery to bodźce, które w innej próbie są prezentowane jako cel, na który należy reagować lewą ręką), a więc wywołującymi konflikt reakcji (warunek konfliktowy, incongruent). Flankery mogą być także neutralne w stosunku do reakcji, tzn niezwiązane w żaden sposób z wymaganymi w całym zadaniu reakcjami.

Porównanie wybranej zmiennej zależnej (np. czasu reakcji, poprawności reakcji, latencji lub amplitudy potencjałów wywołanych, bądź aktywności mózgu rejestrowanej za pomocą fMRI) w warunku zgodnym (lub neutralnym) i warunku konfliktowym interpretuje się jako miarę efektywności kontroli poznawczej w procesie rozwiązywaniu konfliktu reakcji (efekt flankerów, czyli koszt konfliktu: incongruent minus congruent). W badaniach behawioralnych interpretacja jest najprostsza. Czym większy efekt flankerów, tym większy koszt konfliktu, czyli niższa efektywność systemu w rozwiązywaniu konfliktu. (Porównanie warunku zgodnego z neutralnym teoretycznie powinno ukazywać efekt facylitacji, ale w praktyce taki efekt często jest zerowy bądź nawet ujemny. Niektórzy autorzy twierdzą, że wynika to m.in. z tego, że nie ma możliwości ustalenia czegoś takiego jak baseline w reagowaniu na określony cel). Co ważne, zadanie flankerów wydaje się być trochę lepszym narzędziem do pomiaru konfliktu niż zadanie Stroopa, ponieważ jest czystszą miarą konfliktu reakcji. W zadaniu Stroopa interferencja bądź konflikt pojawiają się co najmniej na dwóch etapach przetwarzania informacji: na etapie selekcji ważnych i nieważnych informacji zawartych w prezentowanych bodźcach: kolor (informacja ważna) vs znaczenie (informacja nieważna, ale przetwarzana automatycznie) (bądź: semantyczne vs fizyczne aspekty informacji/słowa), oraz na etapie selekcji reakcji, gdy reakcja przygotowywana intencjonalnie (określenie koloru czcionki) musi konkurować z reakcją aktywowaną automatycznie (przeczytanie słowa). O ile w zadaniu flankerów również musi zachodzić selekcja informacji/bodźców, to konflikt pojawia się na poziomie reakcji.

Bardzo szczegółowy obraz procesu generowania konfliktu w zadaniu flankerów dostarczyły badania EEG z analizą potencjałów wywołanych (evoked potentials, EP), nazywanych także potencjałami skorelowanymi ze zdarzeniem (event-related potentials, ERP). W badaniach przeprowadzonych przez Grattona i współpracowników (Gratton, Coles, Sirevaag, Eriksen, & Donchin, 1988) ustalono, że jeśli w zadaniu flankerów reakcje mają być generowane lewą i prawą ręką, to prezentacja celu sygnalizującego reakcję lewą ręką wraz z konfliktowymi flankerami, które sygnalizują reakcję prawą ręką, automatycznie uruchamia proces przygotowywania obu przeciwstawnych reakcji powodując konflikt. Przygotowywanie reakcji jest odzwierciedlone w tzw. potencjale gotowości (readiness potential) – jest to ujemna fala generowana przez pierwszorzędową korę ruchową, odzwierciedlająca przygotowanie ruchu. Potencjał gotowości jest generowany w półkuli kontralateralnej do reagującej ręki, zatem przy takim ustawieniu reakcji jak w powyższym przykładzie porównanie potencjałów z obu półkul umożliwia obliczenie tzw. zlateralizowanego potencjału gotowości (lateral readiness potential, LRP), pokazującego, którą reakcję osoba badana przygotowywała w odpowiedzi na bodziec-cel. W warunku konfliktowym obserwuje się aktywację nie tylko reakcji poprawnej, ale również reakcji niepoprawnej (automatyczna odpowiedź na flankery), która następnie, po wyselekcjonowaniu właściwego programu działania, zostaje wyhamowana i przewagę uzyskuje przygotowanie właściwej reakcji. W przypadku popełnienia błędu, tj, zareagowania niewłaściwą ręką, obserwuje się przewagę potencjału gotowości dla błędnej reakcji (Jaśkowski, van der Lubbe, Schlotterbeck, & Verleger, 2002). Badania z użyciem TMS potwierdzają przyczynowo-skutkowy związek pomiędzy LRP i procesem przygotowywania reakcji w zadaniu flankerów (Verleger, Kuniecki, Möller, Fritzmannova, & Siebner, 2009).

Podsumowując, w warunku konfliktowym zadania flankerów, w korze ruchowej przygotowywane są dwie konkurujące ze sobą reakcje. W takiej sytuacji system kontrolny musi rozwiązać konflikt i wygenerować reakcję poprawną. Rozwiązanie konfliktu wymaga procesów monitorowania i detekcji konfliktu, oraz selekcji odpowiedniej reakcji. W razie popełnienia błędu, system kontrolny musi rozpoznać fakt popełnienia błędu i wzmocnić kontrolę wykonania zadania w celu uniknięcia dalszych błędów. A zatem skuteczna kontrola poznawcza wymaga także systemu oceny skutków podjętego działania. Ponadto, system powinien być odpowiednio wyregulowany, w zależności od kontekstu – gdy zadanie jest trudne, np. konflikt pojawia się często, wtedy system musi pozostawać w ciągłej gotowości.